Le nom d' "Aragon", d'après la tradition, aurait un rapport avec le royaume espagnol homonyme et remonterait au début du XIème siècle. Sans exclure totalement une origine étrangère, on propose aussi pour ce toponyme des racines celtes ou greco-celtiques : "près d'un lieu de combat" ou "près d'un lieu sauvage". Une mention ancienne signale une grotte sépulcrale sur la commune. Les vestiges reconnus seraient attribuables à l'Age du Bronze (vers 2000 avant notre ère). Témoignage de l'époque gallo-romaine, un fragment d'inscription funéraire latine en marbre a été découvert en 1820.
Au Xème siècle, Aragon est inféodé à l'abbaye de Montolieu, elle-même sous la dépendance de l'abbaye de Caunes-Minervois.
Au début du XIIème siècle, les premières chartes des seigneurs d'Aragon apparaissent : Guilhem Roger est le premier membre connu de ce lignage. Dans les années 1126-1127, et en récompense de ses loyaux services, il reçoit du vicomte Bernard Aton Trencavel la garde de l'une des tours de la Cité de Carcassonne.
Les seigneurs d'Aragon sont largement possessionnés. Leurs biens s'étendent depuis la vallée du Fresquel jusqu'aux contreforts de la Montagne Noire. Leurs revenus sont multiples, liés à l'exploitation forestière, aux mines, aux droits de pacage, ... Ils ont tissé des liens privilégiés avec l'abbaye voisine de Montolieu et, plus généralement, avec le clergé. Mais, ils sont également acquis à la cause cathare comme en témoignent les dépositions faites devant les Inquisiteurs.
La famille d'Aragon parait résider dans le village et assister aux prêches cathares. Cette dernière est souvent évoquée à propos du catharisme languedocien et de la croisade contre les hérétiques. Ces seigneurs pâtissent aussi de leur homonymie avec le royaume d'Aragon, qui entraîne parfois une certaine confusion ou des erreurs d'identification. On évoque la venue dans cette localité de  l'évêque cathare, Bernard de Simorre. Par la suite, le catharisme perdurera à Aragon, y compris de façon clandestine. La famille d'Aragon, suspectée d'hérésie, fut dépossédée de ses biens; malgré tout, elle reçut un dédommagement financier. Le fief d'Aragon entrera pour partie dans le domaine royal et dans le domaine de l'évêque de Carcassonne. Le XIVème siècle sera marqué par le procès dit des "Devois", désaccord opposant la communauté d'Aragon à celle de Fraisse-Cabardès quant à la propriété de terrains servant de pâturage aux troupeaux. Le litige durera, par épisodes, de 1373 à 1840, date à laquelle le Tribunal de Montpellier ordonnera le partage de ces terrains entre les deux localités.
Au XVIème siècle, le village souffrit des luttes religieuses : en 1575,  les Huguenots s'emparèrent d'Aragon qui sera repris par le Duc de Turenne en 1580 et ce sont à nouveau les protestants qui l'occupèrent en 1588.
A la fin du XVIIIème siècle, la prospérité des drapiers de Carcassonne génère dans le bourg une activité artisanale complémentaire de l'agriculture. Avec plus de 60 métiers à tisser, Aragon connaît  alors une époque de prospérité.
Au début du XIXème siècle, Aragon fait encore figure de village important avec environ 700 habitants. Il se dépeuple progressivement pour compter aujourd'hui près  de 500 Aragonais. 
Le village et ses abords bénéficient d'une protection au titre de la législation sur les sites, depuis 1974.
Aragon est établi sur un éperon rocheux isolé. Bâti en amphithéâtre, il domine les ruisseaux du "Trapel" et de "La Valette", ainsi que les nombreux jardins potagers et autres espaces ouverts tels que la promenade des Oliviers, au Nord.
On notera que les compoix (registres fiscaux) font état du caractère fortifié du lieu: on signale "la muraille de la ville" et le village y est régulièrement appelé "Le fort". Trois portes sont mentionnées ainsi "Al portal de Hiero dal col" à proximité de la placette du même nom. Il est aussi question de "La porte de la ville". Peut-être se trouvait-elle rue du "Pont Levis", près des fossés et premiers remparts où subsistent encore en élévation quelques vestiges susceptibles de correspondre à l'emplacement  d'une porte fortifiée?
Le compoix de 1699 évoque enfin "Le portal croix". Il faut probablement le situer à proximité de  la croix qui s'élève aujourd'hui sur la place de l'Abreuvoir.
Datée du XVIème, siècle, cette croix en pierre historiée est ornée, sur une face, d'une Crucifixion, sur l'autre, d'une Vierge à l'Enfant  (classée Monument Historique).
Le village a connu plusieurs phases de développement principalement autour du noyau  primitif d'Aragon, sur le site de l'actuel château. Ce secteur  présente des vestiges de rempart  bien conservés, notamment rue du "Pont-Levis". La rue "du Paro" constituait l'axe de circulation principal de cet espace fortifié, une fois franchi les anciens  fossés secs.
Par la suite, l'habitat villageois s'étendit au-delà, en direction du Sud et de l'Est. Il fut à son tour protégé par une enceinte qui engloba l'église. Au Sud, cette enceinte se prolongea en direction de la "Côte de Pech-Marie" où une vaste portion associée à une  échauguette d'angle est encore en élévation. Cette enceinte collective se poursuit le long de la rue "du Rocher" et remonte vers l'avenue "de la Montagne Noire" où de nouveaux fragments  subsistent près du Monument aux Morts.
Enfin, sur le point le plus haut de l'éperon, les compoix d'Aragon mentionnent régulièrement un habitat organisé autour d'une "tour". Cet espace, actuellement compris entre les rues "de la  Tour" et "du Calvaire", ne recèle que des habitations ruinées.  Toutefois, on peut encore observer sur son pourtour deux fragments de mur, probablement de facture médiévale.
Au-delà de l' enceinte du village, les compoix font état de faubourgs dénommés : "Barry del Pon Marssal", "Barry de las Abrix",... Ils  correspondent tous à des quartiers post-médiévaux.
Les vestiges de deux moulins, témoignages de l'économie rurale,  sont visibles près du village. Ils figurent sous l'appellation "moulin  d'Aragon" et "moulin de Vignaure". Ce dernier est attesté dès le XVIIIème, siècle et celui "d'Aragon" a été édifié au XlXème siècle. Un moulin à eau était situé sur le Trapel, il n'en reste aujourd'hui  que le nom d'un tènement (route de Villegailhenc).